达尔文对思想的最重要的贡献之一是他对本质主义的否定。本质主义是一种古老的哲学学说，它声称每种事物、每个自然类(natural kind)都有其本质，这是它们成为某种事物的充分必要条件的集合。达尔文指出，不同的物种在历史上由一系列变异联系在一起，这些变异是逐渐形成的，所以根本没有能将它们清晰、明确地划分开来的原则性方法，比如把恐龙分在左边、把鸟类分在右边那样的法则。